任何一種熱切割技術，除了可以從板塊的邊緣開始的情況外，一般都必須在板塊上開一個小孔。以前激光沖壓復合機先用沖頭打孔，然后用激光從小孔切割。沒有沖壓裝置的激光切管機設備有兩種基本方法。
爆破穿孔——材料受到連續激光的照射，在中心形成凹坑，通過與激光束同軸的氧氣流很快去除熔融材料，從而形成孔。一般的孔的大小與板厚有關，爆破穿孔的平均直徑是板厚的一半，所以對厚板的爆破穿孔的孔徑大，而且不圓，所以不應該用于加工精度要求高的零件，只能用于廢料。
另外，由于穿孔時使用的氧氣壓力與切斷時相同，因此飛散較大。
脈沖穿孔—使用峰值功率較高的脈沖激光使少量材料熔融或氣化，使用空氣或氮氣作為輔助氣體，降低發熱氧化引起的孔的擴展，氣體壓力小于切斷時的氧壓力。由于每個脈沖激光只產生小的粒子噴射，階段性地變深，所以厚板穿孔時間需要幾秒鐘。穿孔完成后，立即將輔助氣體變成氧氣切斷。這樣穿孔徑小，其穿孔質量優于爆破穿孔。為此使用的激光不僅應該具有高功率；更重要的是光束的時間和空間特性，因此一般橫流CO2激光無法滿足激光切割的要求。
另外，脈沖穿孔需要更可靠的氣體通道控制系統來實現氣體種類、氣體壓力的切換、穿孔時間的控制。
