它的工作原理是氧氣（或空氣）通過高頻高壓電場，使氧轉化為臭氧，并及時與水混合，利用臭氧的強氧化作用，殺滅水中的細菌。殺滅細菌效果Z佳濃度，可以通過改變進壓力、氣量、電流等調節來達到。由于臭氧在水中的氧化還原電位為 2.07v，比氯（1.36v）高，所以在臭氧量僅為氯的萬分之一時，滅菌效果比氯及其它藥劑快600-3000 倍，數秒內可殺細菌微電解水箱消毒：水箱消毒機采用微電解原理，通過電化學反應，使水中溶解的氯離子、水分子產生以下氧化性物質：次氯酸（HCIO-），二氧化氯（CIO2），臭氧 （O3），活性氧 （O）、分子氯（Cl2）等。上述氧化性物質通過擴散和循環對水箱、水池中的所有水及水箱、水池內壁進行處理，破壞 中及水箱、水池內壁的細菌、藻類微生物細胞，達到消毒、滅藻的效果。 水箱自潔消毒器處理后，可保證處理后水質的細菌總數、總大腸菌群、游離余氯指標符合《生活飲用水衛生標準》GB5749-85，也可保證水箱（水池）符合《二次供水設施衛生規范》GB17051-1997 （需配合紫外線消毒儀等其他設備消毒、殺菌；）