使用堆垛起重機的貨架系統要按貨架的列、層、行的所在貨位分別編號，以便實現向貨位自動地進出庫，也便于利用電子計算機進行在庫管理。實際上，的大型立體自動倉庫大多采用電子計算機進行在庫管理。然而，為了節省設備投資，在小型自動倉牢中，多數仍采用手動控制和半自動控制。

一、手動控制

手動控制是司機在堆垛起重機的司機臺上一邊查看貨位號碼，一邊操作操縱手柄或按鈕完成行走、升降、貨叉進出。

二、半自動控制

司機在堆垛起重機的司機臺上，按動所需貨位號的按鈕，起重機就自動完成行走、升降各種動作，并停止在的貨位號處。貨叉的進出動作由手動操縱桿或用按鈕進行控制。返回動作大多是按動返回按鈕即可自動返回原位。

三、全自動控制

這是屬于無人操縱的形式，操縱盤裝在起重機外，用按鈕或穿孔卡等為指令。因此，只要按下啟動電鈕，就能遙控堆垛起重機自動進行進出庫動作。近來也有采用磁心存貯器等存貯裝置來存貯各貨位號的庫存量或品種，進行在庫管理的方式。

四、計算機控制

設置與電子計算機直聯的地面控制盤，把進出庫指令輸入電子計算機，進行集中控制。通過電子計算機發出的進出庫指令存貯在地面控制盤上的前置盒式計算器中，計算器一邊控制堆垛起重機把目標貨物自動地進出庫，一邊進行進出庫貨位號、品種、次數等運算，實施在庫管理。

在大型立體自動倉庫中，往往采用這種管理方式。在現已建成的小型獨立貨架式倉庫中，也有一些采用小型電子計算機進行在庫管理的。